زبان پشتو، چه از نظر واجشناسی و چه ازنظر ساختمان دستوری، با دیگر زبانهای ایرانی تفاوتهایی دارد. خیشومیشدگی و کامیشدگی در آواشناسی تاریخی پشتو نقش مهمی ایفا کرده است. این زبان را به دو گروه غربی (یا جنوبغربی) و شرقی (یا شمالشرقی) تقسیم میکنند. گویش مهم گروه غربی، گویش قندهاری است و در گروه شرقی گویش پیشاوری اهمیت دارد. اختلاف میان این دو گروه، هم در چگونگی ادای واکهها و هم در برخی نکتههای دستوری است. ازجمله نام یا عنوان زبان که در قندهاری «پشتو» و در پیشاوری «پختو» تلفظ میشود.
در برخی از خوشههای همخوانی پایانی در واژههای اصیل پشتو یعنی خوشههایی مانند /st/, /xt/ و /nd/، امکان حذف همخوان پایانی در گفتار سریع وجود دارد (مانند حذف /d/ در "sind" به "sin")، اما در برخی دیگر این امکان وجود ندارد (مانند /sk/ در "sosk"). این پدیده با مفهوم "تمایل به شباهتگریزی" در خوشههای همخوانی توضیح داده میشود؛ یعنی در خوشههایی که دو همخوان از نظر ویژگیهای آوایی به هم شبیه هستند (مانند /nd/)، تمایل به حذف یکی از همخوانها برای ایجاد تمایز بیشتر وجود دارد.
در خوشههایی که در وامواژههای زبان پشتو دیده میشوند (مانند /rm/ در "garm")، در برخی موارد این خوشهها با افزودن یک واکه (مانند /ə/ در "garəm") شکسته میشوند تا با محدودیتهایواجآرایی زبان پشتو سازگار شوند. این پدیده با اصل توالی رسایی توضیح داده میشود. این اصل بیان میکند که در یک هجا، همخوانها باید به ترتیب خاصی از نظر رسایی قرار بگیرند. در برخی موارد، خوشههای همخوانی در وامواژهها این اصل را نقض میکنند و برای رفع این مشکل، یک واکه بین آنها درج میشود.